Sự cố

• Ở tập 3, khi Nguyễn Hồng Anh thực hiện thử thách "Sàn diễn trí nhớ", cô bé đã vô tình va phải một cột đèn được dựng trên sân khấu làm vỡ bóng đèn. Tuy nhiên sự cố này không ảnh hưởng quá nhiều đến em và em đã tập trung để hoàn thành phần ghi nhớ. Theo giám khảo Tóc Tiên, những hình ảnh như thế được giữ nguyên để khán giả thấy được tính chân thực cao và đề cao sự tập trung cao độ gần như tuyệt đối của chương trình.
• Trong tập 7, ở phần thi "Ma trận số nguyên tố", Phạm Huy Hoàng đã phát hiện ra con số ở vị trí tọa độ B5-13 (15947) có phông chữ khác thường so với các số còn lại. Vô tình, đó lại là con số mà giám khảo đã giấu trên bảng tọa độ. Sự cố này xảy ra do bộ phận kỹ thuật của chương trình đã quên điều chỉnh con số ở vị trí đó, dẫn đến việc người khiêu chiến phát hiện rất nhanh chóng. Cuối cùng, ban tổ chức đã phải sửa sai bằng cách tạo một con số khác và làm lại ma trận số.
• Trong tập 11, khán giả đã phát hiện ra một lá cờ Việt Nam ở vị trí ghế khiêu chiến của Đức Phước bị dán ngược. Sau đó, đến phần thi của Việt Hoàng, lá cờ lại được dán đúng. Tuy nhiên, đây chỉ là sự cố nhỏ.

Các vụ việc tiêu cực

• Sau tập 7, một giảng viên dạy tiếng Anh ở Hà Nội đã đăng tải một video cho rằng thử thách "Ma trận số nguyên tố" của Huy Hoàng có những lỗ hổng rất nguy hiểm, anh thậm chí còn đưa ra cách giải bài này trong chưa tới 1 phút. Trước ý kiến này, ban tố chức đã lý giải: "Đề thi cụ thể của Huy Hoàng, từ con số cần tìm đến tọa độ giấu con số đó đều là sự lựa chọn ngẫu nhiên của các giám khảo và khách mời chuyên môn ngay tại trường quay. Sự lựa chọn này đều dưới sự chứng kiến của khán giả tại trường quay nên hoàn toàn không có sự ưu ái gì cho phần thử thách của thí sinh". Bên cạnh đó, nhà sản xuất còn đưa ra những ý kiến khen ngợi về khả năng lập luận và tư duy phân tích của anh này và hy vọng được chứng kiến anh có mặt tại Siêu trí tuệ Việt Nam.[20]
• Sau khi theo dõi tập 8, một số khán giả cho rằng MC Trấn Thành đã gian lận trong phần thi của Tấn Kiên (Giải cứu từ điển). Cụ thể, mỗi lần Tấn Kiên cắt một con số, Trấn Thành đứng bên vừa tường thuật, vừa cổ vũ nhiệt tình bởi những câu nói như: "Chuẩn bị cắt thưa quý vị" hay "Cắt, cắt, cắt"… Vào thời điểm Tấn Kiên chưa quyết được có nên cắt dây nối số 98 không, Trấn Thành bất ngờ lên tiếng: "Bình tĩnh em trai ơi". Sau câu nói này, Tấn Kiên thả kéo khỏi dây nối số 98 và chuyển qua cắt dây ở số 99. Đây là một quyết định sáng suốt, đèn báo tắt và Tấn Kiên hoàn thành thử thách. Sự trùng hợp này khiến nhiều dân mạng nghi ngờ Trấn Thành "nhắc bài" cho người chơi. Tuy nhiên, không ít người lên tiếng bênh vực, vì theo họ, Trấn Thành chỉ cổ vũ người chơi, bản thân anh cũng không biết từ đó có số thứ tự bao nhiêu để gian lận.[21]
• Cũng trong tập 8, khán giả đã phát hiện ra một sai sót về kiến thức. Cụ thể, ở phần thi của nghệ sĩ violin Xuân Huy, Trấn Thành nói rằng không ai mua tranh của danh họa Tây Ban Nha Pablo Picasso cho đến khi ông qua đời. Tuy nhiên, theo khán giả, Picasso nổi tiếng từ lúc ông còn sống. Ông bán được nhiều tranh và rất giàu có. Danh họa có cuộc sống cơ cực và chỉ được biết đến sau khi mất là Vincent van Gogh.[21]
• Tập 9 chứng kiến cuộc đối đầu giữa Phạm Tuấn Minh và Lê Nguyễn Phước Vinh. Đây là cuộc đấu bị đánh giá là không công bằng, bởi lẽ Phước Vinh hiểu biết sâu về lịch sử thế giới nhưng chỉ yêu thích bóng đá, còn Tuấn Minh lại am hiểu khá nhiều về bóng đá. Chính điều này đã khiến nhiều người xem nói rằng chương trình đã thiên vị Tuấn Minh. Cao trào của phần thi này bị đẩy lên tới đỉnh điểm khi MC đề nghị nhân đôi số điểm ở câu cuối, sau đó còn đề nghị thi thêm một vòng khiến bé Minh phát khóc. Nhiều khán giả đã dùng những lời lẽ không hay cho bé Minh. Sau khi tập này đã được phát sóng trên truyền hình, nhiều luồng ý kiến tranh cãi đã nổ ra, cùng với đó là lượt dislike khủng khiếp đối với bản phát hành trên Youtube của tập này: 44.000 lượt dislike áp đảo 39.000 lượt like - một con số chưa từng thấy ở các tập trước đó. EndermolShineGroup đã xóa video này do vi phạm bản quyền nhưng chỉ vài ngày sau, đơn vị này đã chấp nhận cho video này trở lại YouTube sau khi đã kiểm tra bản quyền.
• Khi vòng Giao hữu quốc tế diễn ra, đã có một số khán giả cho rằng Siêu trí tuệ Việt Nam đã dàn xếp kết quả, ép đổi thủ thua; vì theo họ, phải mất rất nhiều tiền để ban tổ chức mời các đối thủ quốc tế tới Việt Nam thì đấu nên ban tổ chúc cố gắng thuyết phục họ nhường chiến thắng cho đội Việt Nam. Đáp trả luồng dư luận này, sau phần thi giữa Đức Phước và Yu Sajima, Lại Văn Sâm bất ngờ quay sang hỏi đối thủ đến từ Nhật Bản: "Vừa rồi chơi, bạn có chút nhường nhịn nào không hay bạn chơi hết mình chưa?". Đáp lại thắc mắc này, Yu Sajima chia sẻ: "Tôi đã cố gắng hết mình với tư cách là một tuyển thủ. Tuy nhiên tôi đã thất bại rồi. Nếu có cơ hội thi đấu một lần nữa, tôi sẽ nâng cao khả năng của mình hơn". Sau câu nói đó, Lại Văn Sâm bất ngờ chia sẻ: "Tôi hỏi vậy là vì sao? Một số người xem chương trình cho rằng ban tổ chức sắp đặt trước nên tôi rất khó chịu. Hôm nay tôi để cho chính anh ấy nói để một số người hoài nghi sắp xếp hiểu rõ. Đó là kết quả, câu trả lời Đức Phước xứng đáng".[22]